Slávna Enterprise sa pyšne vznáša vo vesmíre. Neznámy votrelec zničí tri mohutné Klingonské lode a kapitán James T. Kirk sa vracia do novej Enterprise prevziať velenie. Všetci sa snažia zastaviť mimozemského votrelca na jeho neodvratnej ceste k planéte Zem.
Je 23. storočie a záhadná cudzia mocnosť ohrozuje Zem ničením jej atmosféry a odparovaním vody z oceánov. Kirk a jeho posádka musia cestovať späť do San Franciska do roku 1986 a nájsť podstatu tohto ničenia.
Porážka Khana admirálom Kirkom a stvorenie novej planéty Genesis sú len prázdnym víťazstvom. Spock položil svoj život za záchranu posádky a McCoy sa nevysvetliteľne stal choromyseľným. Náhle na Enterprise priletí Sarek, Spockov otec, a odhalí neuveriteľnú vec: McCoy prechováva...
Po dlhotrvajúcich vojnách sa Federácia a Klingonská ríša pripravujú na mierový summit. Je to možno posledná šanca na mier medzi odvekými rivalmi. Kapitán Kirk a jeho posádka sú poverení uvítaním najvyššieho kancelára Klingonov. Potom, čo je klingonská loď záhadne zničená...
